- c -

• callSetupDialog() : sortie.data.funcgroups.Allometry , sortie.data.funcgroups.Behavior , sortie.data.funcgroups.disturbance.EpisodicMortality , sortie.data.funcgroups.disturbance.Harvest , sortie.data.funcgroups.disturbance.HarvestInterface , sortie.data.funcgroups.disturbance.Storm , sortie.data.funcgroups.nci.NCIMasterBase , sortie.data.funcgroups.output.DetailedOutput , sortie.data.funcgroups.output.ShortOutput , sortie.data.funcgroups.planting.Planting , sortie.data.funcgroups.statechange.ClimateImporter
• canBeDuplicated() : sortie.data.funcgroups.Behavior
• canBehaviorBeDuplicated() : sortie.data.funcgroups.BehaviorTypeBase
• canceled() : sortie.tools.batchoutput.BatchOptionsDialog
• CarbonValueCalculator() : sortie.data.funcgroups.analysis.CarbonValueCalculator
• CarbonValueDataRequest() : sortie.datavisualizer.CarbonValueDataRequest
• Cell() : sortie.data.simpletypes.Cell
• changeGridSpecies() : sortie.data.funcgroups.output.DetailedOutput
• changeOfPlotResolution() : sortie.data.funcgroups.Behavior , sortie.data.funcgroups.BehaviorTypeBase , sortie.data.funcgroups.disturbance.EpisodicMortality , sortie.data.funcgroups.disturbance.Harvest , sortie.data.funcgroups.output.DetailedOutput , sortie.data.funcgroups.output.ShortOutput , sortie.data.funcgroups.planting.Planting , sortie.gui.GUIManager
• changeOfSpecies() : sortie.data.funcgroups.Allometry , sortie.data.funcgroups.analysis.CarbonValueCalculator , sortie.data.funcgroups.analysis.ConditOmegaCalculator , sortie.data.funcgroups.analysis.DimensionAnalysis , sortie.data.funcgroups.analysis.FoliarChemistry , sortie.data.funcgroups.analysis.MerchValueCalculator , sortie.data.funcgroups.analysis.PartitionedDBHBiomass , sortie.data.funcgroups.analysis.PartitionedHeightBiomass , sortie.data.funcgroups.analysis.RipleysKCalculator , sortie.data.funcgroups.analysis.StormKilledPartitionedDBHBiomass , sortie.data.funcgroups.analysis.StormKilledPartitionedHeightBiomass , sortie.data.funcgroups.Behavior , sortie.data.funcgroups.BehaviorTypeBase , sortie.data.funcgroups.disperse.MastingNonSpatialDisperse , sortie.data.funcgroups.disperse.MastingSpatialDisperse , sortie.data.funcgroups.disperse.SpatialDisperseBase , sortie.data.funcgroups.DisperseBehaviors , sortie.data.funcgroups.disturbance.CompetitionHarvest , sortie.data.funcgroups.disturbance.EpisodicMortality , sortie.data.funcgroups.disturbance.Harvest , sortie.data.funcgroups.disturbance.Windstorm , sortie.data.funcgroups.epiphyticestablishment.EpiphyticEstablishment , sortie.data.funcgroups.establishment.MicrotopographicSubstrateSeedSurvival , sortie.data.funcgroups.establishment.SubstrateDepEstablishmentBase , sortie.data.funcgroups.light.BasalAreaLight , sortie.data.funcgroups.management.QualityVigorClassifier , sortie.data.funcgroups.mortality.ClimateCompDepNeighborhoodSurvival , sortie.data.funcgroups.mortality.TempDepNeighborhoodSurvival , sortie.data.funcgroups.nci.NCIMasterBase , sortie.data.funcgroups.nci.NCIMasterQuadratGrowth , sortie.data.funcgroups.nci.NCITermDefault , sortie.data.funcgroups.nci.NCITermNCIBARatio , sortie.data.funcgroups.nci.NCITermNCIBARatioDBHDefault , sortie.data.funcgroups.nci.NCITermNCITempDepBARatio , sortie.data.funcgroups.nci.NCITermNCITempDepBARatioDBHDefault , sortie.data.funcgroups.nci.NCITermWithNeighborDamage , sortie.data.funcgroups.nci.NCIWithSeedlings , sortie.data.funcgroups.output.DetailedOutput , sortie.data.funcgroups.planting.Planting , sortie.data.funcgroups.seedpredation.NeighborhoodSeedPredation , sortie.data.funcgroups.seedpredation.NeighborhoodSeedPredationLnk , sortie.data.funcgroups.substrate.DetailedSubstrate , sortie.data.funcgroups.TreePopulation , sortie.gui.GUIManager
• changeOfSpeciesName() : sortie.data.funcgroups.Allometry , sortie.data.funcgroups.Behavior , sortie.data.funcgroups.BehaviorTypeBase , sortie.data.funcgroups.nci.NCIMasterBase , sortie.data.funcgroups.nci.NCITermDefault , sortie.data.funcgroups.nci.NCITermNCIBARatio , sortie.data.funcgroups.nci.NCITermNCIBARatioDBHDefault , sortie.data.funcgroups.nci.NCITermNCITempDepBARatio , sortie.data.funcgroups.nci.NCITermNCITempDepBARatioDBHDefault , sortie.data.funcgroups.nci.NCITermWithNeighborDamage , sortie.data.funcgroups.nci.NCIWithSeedlings , sortie.data.funcgroups.seedpredation.NeighborhoodSeedPredation , sortie.data.funcgroups.seedpredation.NeighborhoodSeedPredationLnk , sortie.gui.GUIManager
• changeSpeciesName() : sortie.data.funcgroups.TreePopulation
• changeSubplotSize() : sortie.gui.SubplotEdit
• changeTreeSpecies() : sortie.data.funcgroups.output.DetailedOutput
• characters() : sortie.datavisualizer.DetailedOutputFileSetupParseHandler , sortie.datavisualizer.DetailedOutputTimestepParseHandler , sortie.sax.ParameterFileParser , sortie.tools.parfileupdater.OldParFileParser
• ChartFrameInfo() : sortie.gui.ChartFrameInfo
• ChartInfo() : sortie.tools.batchoutput.ChartInfo
• chartMouseClicked() : sortie.gui.harvepplant.EpisodicEventsMouseListener
• chartMouseMoved() : sortie.gui.harvepplant.EpisodicEventsMouseListener
• checkForGridCellResolutionChange() : sortie.data.funcgroups.disturbance.EpisodicMortality , sortie.data.funcgroups.disturbance.Harvest
• chooseColor() : sortie.datavisualizer.Legend , sortie.datavisualizer.NoSpeciesLegend
• cleanUp() : sortie.datavisualizer.DataFileManager , sortie.datavisualizer.DataVisualizerManager , sortie.datavisualizer.DetailedOutputFileManager , sortie.fileops.Tarball
• cleanup() : sortie.tools.batchoutput.BatchDetailedOutput
• clearCurrentData() : sortie.gui.GUIManager
• clearDetailedDeadTreeSettings() : sortie.data.funcgroups.output.DetailedOutput
• clearDetailedGridSettings() : sortie.data.funcgroups.output.DetailedOutput
• clearDetailedLiveTreeSettings() : sortie.data.funcgroups.output.DetailedOutput
• clearDetailedOutputSubplots() : sortie.data.funcgroups.output.DetailedOutput
• clearHarvestEvents() : sortie.data.funcgroups.disturbance.Harvest
• clearMapValues() : sortie.data.funcgroups.Grid
• clearMortalityEpisodes() : sortie.data.funcgroups.disturbance.EpisodicMortality
• clearNewTreeDataMembers() : sortie.data.funcgroups.disturbance.HarvestInterface
• clearPlantingEvents() : sortie.data.funcgroups.planting.Planting
• clearShortOutputSubplots() : sortie.data.funcgroups.output.ShortOutput
• clearSpecies() : sortie.data.funcgroups.disturbance.HarvestData , sortie.data.funcgroups.planting.PlantingData
• clearSpeciesTypeCombos() : sortie.data.funcgroups.Behavior , sortie.data.funcgroups.nci.NCIMasterBase
• clearStormEvents() : sortie.data.funcgroups.disturbance.Storm
• clearTreeMapParseSettings() : sortie.data.funcgroups.TreePopulation
• clearTrees() : sortie.data.funcgroups.TreePopulation
• ClimateCompDepNeighborhoodSurvival() : sortie.data.funcgroups.mortality.ClimateCompDepNeighborhoodSurvival
• ClimateImporter() : sortie.data.funcgroups.statechange.ClimateImporter
• ClimateImporterEditor() : sortie.gui.behaviorsetup.ClimateImporterEditor
• clone() : sortie.data.funcgroups.disturbance.HarvestData , sortie.data.funcgroups.planting.PlantingData , sortie.data.simpletypes.Cell , sortie.data.simpletypes.DataMember , sortie.data.simpletypes.DetailedGridSettings , sortie.data.simpletypes.DetailedTreeSettings , sortie.data.simpletypes.ModelEnum , sortie.data.simpletypes.ModelFloat , sortie.data.simpletypes.ModelInt , sortie.data.simpletypes.ModelString , sortie.data.simpletypes.ModelVector , sortie.data.simpletypes.SpeciesTypeCombo , sortie.datavisualizer.ModelHistogramDataset , sortie.datavisualizer.XYTreeRenderer , sortie.datavisualizer.XYZSimpleDataset , sortie.gui.modelflowsetup.BehaviorPackager , sortie.gui.ScheduledStormInfo
• closeAllCharts() : sortie.datavisualizer.DataFileManager
• closeArchive() : sortie.fileops.TarArchive
• closeCurrentRunCharts() : sortie.datavisualizer.DataVisualizerManager
• closeFile() : sortie.datavisualizer.DataVisualizerManager
• closeOneDataFile() : sortie.gui.MainWindow
• collectTreeDataMembers() : sortie.gui.DetailedOutputDeadTreeSetup , sortie.gui.DetailedOutputTreeSetup
• columnDown() : sortie.gui.behaviorsetup.HarvestInterfaceSetup
• columnUp() : sortie.gui.behaviorsetup.HarvestInterfaceSetup
• ComboDisplay() : sortie.data.simpletypes.ComboDisplay
• compactHarvestList() : sortie.data.funcgroups.disturbance.Harvest
• CompetitionHarvest() : sortie.data.funcgroups.disturbance.CompetitionHarvest
• CompetitionMortality() : sortie.data.funcgroups.mortality.CompetitionMortality
• componentHidden() : sortie.datavisualizer.DesktopListener
• componentMoved() : sortie.datavisualizer.DesktopListener
• componentResized() : sortie.datavisualizer.DesktopListener
• componentShown() : sortie.datavisualizer.DesktopListener
• ConditOmegaCalculator() : sortie.data.funcgroups.analysis.ConditOmegaCalculator
• ConspecificTreeDensitySeedSurvival() : sortie.data.funcgroups.establishment.ConspecificTreeDensitySeedSurvival
• ConstantBA() : sortie.data.funcgroups.growth.ConstantBA
• ConstantGLI() : sortie.data.funcgroups.light.ConstantGLI
• ConstantRadial() : sortie.data.funcgroups.growth.ConstantRadial
• construct() : sortie.parfile.SwingWorker
• convertPre7ParameterFile() : sortie.gui.GUIManager
• copy() : sortie.gui.behaviorsetup.EnhancedTable
• copyData() : sortie.data.simpletypes.DetailedOutputSettings
• copySpecies() : sortie.data.funcgroups.Allometry , sortie.data.funcgroups.Behavior , sortie.data.funcgroups.BehaviorTypeBase , sortie.data.funcgroups.disturbance.CompetitionHarvest , sortie.data.funcgroups.disturbance.EpisodicMortality , sortie.data.funcgroups.disturbance.Harvest , sortie.data.funcgroups.nci.NCIMasterBase , sortie.data.funcgroups.nci.NCITermDefault , sortie.data.funcgroups.nci.NCITermNCIBARatio , sortie.data.funcgroups.nci.NCITermNCIBARatioDBHDefault , sortie.data.funcgroups.nci.NCITermNCITempDepBARatio , sortie.data.funcgroups.nci.NCITermNCITempDepBARatioDBHDefault , sortie.data.funcgroups.nci.NCITermWithNeighborDamage , sortie.data.funcgroups.nci.NCIWithSeedlings , sortie.data.funcgroups.output.DetailedOutput , sortie.data.funcgroups.planting.Planting , sortie.data.funcgroups.seedpredation.NeighborhoodSeedPredation , sortie.data.funcgroups.seedpredation.NeighborhoodSeedPredationLnk , sortie.gui.GUIManager
• CopySpeciesEditor() : sortie.gui.TreeSpeciesSetup.CopySpeciesEditor
• countLines() : sortie.fileops.ModelFileFunctions
• countTimesteps() : sortie.datavisualizer.DetailedOutputFileManager
• createBehavior() : sortie.data.funcgroups.BehaviorInstantiator , sortie.data.funcgroups.nci.NCIEffect
• createBehaviorFromParameterFileTag() : sortie.data.funcgroups.BehaviorTypeBase , sortie.data.funcgroups.DisturbanceBehaviors , sortie.data.funcgroups.GrowthBehaviors , sortie.data.funcgroups.MortalityBehaviors , sortie.data.funcgroups.OutputBehaviors , sortie.data.funcgroups.PlotBehaviors , sortie.data.funcgroups.TreePopulation
• createChartingDataset() : sortie.datavisualizer.RelativeNeighborhoodDensityDataRequest , sortie.datavisualizer.RipleysKDataRequest
• createChartMenus() : sortie.tools.batchoutput.OptionChoosingWindow
• createColorList() : sortie.datavisualizer.Legend , sortie.datavisualizer.NoSpeciesLegend
• createDataMemberPanel() : sortie.gui.GridValueEditor
• createDataset() : sortie.datavisualizer.ShortOutputFileManager
• createGUI() : sortie.datavisualizer.Legend , sortie.datavisualizer.NoSpeciesLegend , sortie.gui.behaviorsetup.HarvestInterfaceSetup , sortie.gui.DetailedOutputDeadTreeSetup , sortie.gui.DetailedOutputFileSetup , sortie.gui.DetailedOutputGridSetup , sortie.gui.MainWindow , sortie.gui.modelflowsetup.ModelFlowSetup , sortie.gui.ScheduledStormSetup , sortie.gui.ShortOutputFileSetup , sortie.tools.batchoutput.OptionChoosingWindow
• createMenu() : sortie.gui.MainWindow
• createNewChart() : sortie.datavisualizer.DataFileManager
• createNewGridSettings() : sortie.datavisualizer.DetailedOutputFileManager
• createNewParameterFile() : sortie.gui.GUIManager
• createNewTreeSettings() : sortie.datavisualizer.DetailedOutputFileManager
• createParametersPanel() : sortie.gui.behaviorsetup.AllometryParameterEdit , sortie.gui.behaviorsetup.NCIParameterEdit
• createTable() : sortie.datavisualizer.CarbonValueDataRequest , sortie.datavisualizer.FoliarChemistryTableDataRequest , sortie.datavisualizer.HarvestDataRequest , sortie.datavisualizer.MerchValueDataRequest , sortie.datavisualizer.PartitionedBiomassTableDataRequest , sortie.datavisualizer.SeedTableDataRequest , sortie.datavisualizer.ShortOutputFileManager , sortie.datavisualizer.StandTableDataRequest , sortie.datavisualizer.StateVariableTableDataRequest , sortie.datavisualizer.StockTableDataRequest , sortie.datavisualizer.StormDataRequest , sortie.datavisualizer.StormKilledPartitionedBiomassDataRequest , sortie.datavisualizer.WindstormDataRequest
• createTableDataset() : sortie.datavisualizer.ShortOutputFileManager
• createTablePanel() : sortie.datavisualizer.FoliarChemistryTableDataRequest
• createTreeMapDataset() : sortie.gui.ManageTreeMap
• createTreeTypePanel() : sortie.gui.DetailedOutputDeadTreeSetup
• CrowdingEffectDefault() : sortie.data.funcgroups.nci.CrowdingEffectDefault
• CrowdingEffectNoSize() : sortie.data.funcgroups.nci.CrowdingEffectNoSize
• CrowdingEffectTempDep() : sortie.data.funcgroups.nci.CrowdingEffectTempDep
• cut() : sortie.gui.behaviorsetup.EnhancedTable